Podczas swojej kariery wielokrotnie musisz wykonywać misje. Wyróżnia się 6 rang misji (E,D,C,B,A,S). Za każdą misję otrzymuje się, odpowiednie do poziomu trudności misji, wynagrodzenie. Często wykonywanie misji jest wymagane do osiągnięcia wyższej rangi.
Aby otrzymać wyższą rangę, trzeba wykonać przynajmniej 3 misje i 3 misje drużynowe. Pamiętaj, że misje drużynowe mogą być wykonywane tylko i wyłącznie w towarzystwie swojego sensei'a.
W ciągu jednego tygodnia można wykonywac tylko 1 misję drużynową. Ilość misji zwykłych wykonywanych w ciągu tygodnia jest nieograniczona.

Zwykłe misje są przeznaczone rangami dla poszczególnych ninja, np. misje rangi A dla San-ninów i Legendarnych San-ninów.
Misje drużynowe są przeznaczone dla każdego ninja. Ranga misji oznacza tylko stopień trudności, więc jeżeli jakiś Jo-nin chce wykonać misję rangi S - niech się nie waha.