Każdy ninja posiada swoją naturę chakry. Początkowo nie jest ona znana. Dopiero po przeprowadzeniu 1. lekcji w Akademii, dowiadujemy się jaką naturę chakry posiada każdy uczeń.
Osoba używająca jutsu o tej samej naturze chakry, którą posiada (np. ninja o naturze chakry katon używa katon housenka no jutsu) zmniejsza ilość wymaganej chakry i zwiększa moc jutsu. Natura chakry stopniowo będzie rozwijana w ciągu twojej kariery. Po przeprowqadzeniu określonej ilości walk z użyciem jutsu danej 'specjalizacji' zyskuje się kolejny poziom natury chakry.

Wyróżniamy następujące natury chakry:
- katon (ogień)
- suiton (woda)
- doton (ziemia)
- fuuton (wiatr)
- raiton (błyskawica)
- ninpou (cień)
- mokuton (drzewo, drewno)
- hyouton (śnieg, lód)
- normalna (używana w większości ninjutsu)
- lecznicza (używana w medycznych jutsu)

W zależności od poziomu natury chakry ninja zyskuje następujące zdolności:
- 1 lvl (nowicjusz) - obniżenie kosztów jutsu o 1/4
- 2 lvl (junior) - obniżenie kosztów jutsu o 1/2; zwiększenie mocy jutsu 2x
- 3 lvl (doświadczony) - obniżenie kosztów jutsu o 3/4; zwiększenie mocy jutsu 5x
- 4 lvl (ekspert) - używanie trzech wybranych przez siebie jutsu bez zużywania chakry; zwiększenie mocy jutsu 10x.

Zwiększenie mocy jutsu polega między innymi na:
- zwiększeniu zasięgu danego jutsu;
- wydłużeniu czasu działania danego jutsu;
- zwiększeniu skuteczności danego jutsu;
- zwiększeniu obrażeń zadawanych przez dane jutsu.